MPRA는 allele이 reporter activity를 바꾸는지 잘 본다. CRISPR perturbation은 endogenous locus와 target gene을 묻는다. Perturb-seq는 세포 상태의 downstream program을 읽고, MAVE와 precise editing은 exact variant causality에 가까워진다. 한 연구 질문이 어떤 assay stack을 요구하는지 한 화면에서 비교한다.
대규모 allele activity에는 강하지만 target gene과 chromatin context는 직접 읽지 않는다. emVar claim은 active element와 allelic imbalance를 같이 요구할 때 강해진다.
endogenous element나 gene을 건드려 necessity, sufficiency, downstream program을 묻는다. guide efficiency, off-target, delivery bias, readout window가 해석을 제한한다.
DMS·SGE·base/prime editing 같은 multiplexed assay of variant effects(MAVE) 계열로, exact nucleotide나 amino-acid causality에 가장 가깝다. 다만 editor window, PAM, repair outcome, viability, assay dynamic range가 실험 설계를 강하게 지배한다.