autodidact · cancer spatial transcriptomics
암 × 공간전사체 읽기 지도
암 조직 RNA 공간전사체 플랫폼, 샘플 규모, L-R (리간드-수용체) 분석 흐름을 한데 모았습니다. Visium, Xenium, MERSCOPE 등 RNA 기반 ST 플랫폼만 포함합니다.
작성자: 최희선 · 업데이트: 2026-05-10
논문 수부터 세기보다, 플랫폼의 공간 단위와 유전자 범위가 어떤 질문을 받쳐 주는지 먼저 봅니다. 한 연구가 여러 플랫폼을 섞는 이유도 이 관계에서 읽습니다.
platform trade-off
해상도 × 유전자 범위 × 연구 질문
플랫폼공간 단위분자 범위잘 맞는 질문
Xenium패널형 imaging
세포 좌표에 가까운 in situ readout
표적 유전자 패널
세포 이웃종양-면역 경계spillover QC
Visium HDbin 기반 고해상도
조직 구조를 더 촘촘하게 나눈 bin
전체 전사체
미세구조immune architecturewhole-transcriptome signal
Visiumspot-level atlas
절편 전체를 spot 단위로 읽는 지도
전체 전사체
코호트 비교niche atlasL-R 검증
MERSCOPEMERFISH 기반 imaging
단일분자 위치와 세포 경계를 함께 읽음
표적 유전자 패널
cell-state validation공간 패턴 확인
legacy ST초기 spot 기술
낮은 해상도의 조직 단위 신호
전체 전사체
역사적 기준점coarse anatomy
relation map
연구 질문에서 플랫폼 조합과 대표 논문으로 이어지는 길
넓은 atlas
암종과 절편을 넓게 묶어 반복되는 niche를 찾음
cohortprognosis
spot-level + 검증 플랫폼
Visium으로 넓게 읽고, MERSCOPE/Xenium으로 세포 위치를 확인
VisiumMERSCOPEXenium
Li H. TSME · Spatial EcoTyper
공통 niche, spatial ecotype, 액체생검 또는 예후 신호로 이어짐
niche atlasL-R score
경계와 미세구조
종양-면역 경계, CAF-종양 접점, TLS 주변을 촘촘히 읽음
interfacemicro-niche
고해상도 + 패널형 imaging
Visium HD로 전체 전사체를 보고 Xenium으로 세포 상태를 좁힘
Visium HDXenium 5K
Sakai · Oliveira · FineST · Wang
치료 저항성, CRC 면역구조, TLS-L-R 회로 해석으로 이어짐
CRT resistanceimmune CRCTLS
관찰 단위 바꾸기
조직 이미지, virtual ST, RNA spillover 보정으로 해석 단위를 바꿈
inferenceQC
H&E + ST + 보정 모델
이미지 기반 예측과 Xenium QC가 downstream 해석을 어떻게 바꾸는지 점검
H&Evirtual STspillover
Phoenix · SPLIT · FineST
예측된 발현, leakage correction, nuclei-resolved L-R로 이어짐
therapy responsemarker correction
L-R pair는 이름 목록보다 “어느 세포군이 무엇을 보내고, 어느 niche에서 어떤 해석으로 이어지는가”를 봐야 합니다. 아래는 반복되는 통신 회로와 분석 도구의 역할을 맥락별로 다시 묶은 지도입니다.
communication map
세포군 → L-R pair → 생물학적 맥락
면역활성 nicheLi H. TSME
CXCL12-CXCR4CCL19-CCR7CXCL13-CXCR5
T/B cell recruitment와 TLS-like 구조를 읽는 축입니다. pan-cancer niche를 예후와 면역활성 상태로 나누는 데 쓰입니다.
대식세포·종양 nicheLi H. TSME
IL1B-IL1R2IL15-IL15RACD274-PDCD1
염증성 myeloid 신호와 checkpoint 축이 함께 보이는 구간입니다. ICI 반응성 또는 저항성 해석의 출발점으로 읽습니다.
TLS 주변 macrophageWang, CRC/GC
CXCL16-CXCR6CXCL10-CXCR3
CD16+ macrophage 또는 ISG15+ macrophage가 CD8+ T cell을 끌어들이는 회로로 해석됩니다.
CAF·종양 경계FineST
INHBA-ACVR1BNRG1-ERBB3CD70-CD27CCL3-CCR1
invasive front, TLS 내 Treg 모집, PD-1 저항 장벽처럼 조직 경계에서 생기는 국소 상호작용을 핵 수준으로 좁혀 읽습니다.
QC gateSPLIT
spillover correctionexhaustion markers
직접적인 L-R 도구는 아니지만, transcript leakage 보정 전후로 세포 상태와 상호작용 해석이 달라질 수 있음을 확인하게 해줍니다.
tool matrix
도구는 같은 L-R을 서로 다른 층위에서 봅니다
Zhang et al. 2026 · Nature · Spatial EcoTyper / Liquid EcoTyper
Visiumlegacy STMERSCOPEXeniumVisium HD
132 ST 검체
10M+ 세포
78 cfDNA · 10 암종
Visium ~18k
Xenium 300-5k
MERSCOPE ~500
9개 공간 생태형(SE1-SE9)
cfDNA 메틸화 액체생검
ICI 반응 예측
Li H. et al. 2026 · Cell Reports Medicine · Pan-cancer TSME atlas
VisiumMERSCOPE (검증)L-R 분석
373 samples
993,380 spots
12 암종 · 776 ICI
Visium 전체 전사체
56 LCP, 13 consensus niches
L-R: CXCL16-CXCR6 등
대식세포 공간 분포 바이오마커
Tran et al. 2026 · bioRxiv · Phoenix
Xenium
79 슬라이드
924 코어
10,000+ 환자
7개 패널: 유방 280,
대장 322, 폐 289 등
H&E에서 유전자 발현 추론
가상 공간전사체 생성
치료반응 공간 biomarker
Bilous et al. 2026 · Nature Methods · SPLIT
XeniumXenium 5K
41 FFPE 절편
유방 19 + 폐 22
27 기증자
유방 280, 폐 289
IO 340, 5K ~5,000
Spillover 보정 QC
L-R 분석 정확도 영향
소진 마커 검증
Zhang et al. 2026 · Nature Methods · Multi-Embed
VisiumXeniumVisium HD
14,695 TCGA WSI
4,173 CPTAC WSI
12 TCGA 암종
HVG (고변이 유전자)
전사체 전체
WSI-오믹스 다중모달 임베딩
메틸화/단백질/돌연변이 추론
약물 반응 예측
Sakai et al. 2026 · bioRxiv · Xenium 5K + Visium HD + WES
Xenium 5KVisium HD
24 환자 · 52 검체
2.83M 세포
pre/post CRT
Xenium 5K ~5,000
Visium HD 전체 전사체
CRT 치료 저항성 메커니즘
POSTN+ CAF 동정
TME spatial remodeling
Oliveira et al. 2025 · Nature Genetics · Visium HD benchmark
Visium HDVisium v2Xenium
5 CRC + 3 NAT
8 조직 절편
260,506 세포 (ref)
Visium HD 전체 전사체
8μm bin 해상도
CRC 면역세포 공간 프로파일링
SELENOP+/SPP1+ 대식세포
T세포 클론 확장 공간 매핑
Wang et al. 2026 · Mol. Carcinogenesis · CellChat L-R 분석
VisiumL-R 분석
4 Visium ST
2 CRC + 2 GC
201,769 세포
Visium 전체 전사체
TLS 내 면역세포 모집 회로
L-R: CXCL16-CXCR6 (CRC)
CXCL10-CXCR3 (GC)
Dong et al. 2026 · J. Pathology · AITL lymphoma
Xenium
10 임상 검체
RR vs NR AITL
Xenium 패널
NEIL3+ Tfh 줄기세포 유사 클러스터
RR vs NR TME 구조 차이
예후 관련 면역세포 조직화
Li et al. 2026 · Nature Communications · FineST L-R 분석 도구
Visium HDXeniumVisiumL-R 분석
4 암종
CRC, 유방, HCC, NPC
Visium HD 전체 전사체
CellChat L-R DB
조직학 기반 L-R 분석
유방암 invasive front
NPC TLS, HCC PD-1 저항